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Conference papers
Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires
Frederique Pitel
1
Alain Vignal
1
Sophie Leroux
1
Katia Feve
1
Florence Vignoles
1
Aurélie Tircazes
1
Mireille Morisson
1
Amandine Marty
2
Cécile Donnadieu
1, 2
Denis Milan
1, 2
David Gourichon
3
Francis Minvielle
4
Christine Leterrier
5
Cécile Arnould
5
Marie-Dominique Bernadet
6
Christel Marie-Etancelin
7
Benjamin Basso
7
Frédéric Herault
8
Frédéric Lecerf
8, *
Joël Besnard
3
Fanny Calenge
9
Catherine Beaumont
9
Christophe Klopp
10
Christian Diot
8
*
Corresponding author
10
INRA
Frederique Pitel 1
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : frederique-pitel ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/C-2847-2009 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-1477-7633
Alain Vignal 1
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : alain-vignal ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/I-6253-2017 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-6797-2125
Sophie Leroux 1
Author IdHAL : sophie-leroux
Katia Feve 1
Author IdHAL : katia-feve ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3287-1604
Florence Vignoles 1
Author
Aurélie Tircazes 1
Author
Mireille Morisson 1
Author IdHAL : mireille-morisson ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5279-6675
Amandine Marty 2
Author
Cécile Donnadieu 1, 2
Author
Denis Milan 1, 2
Author IdHAL : denis-milan
David Gourichon 3
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : david-gourichon
Francis Minvielle 4
Author
Christine Leterrier 5
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : christine-leterrier
Cécile Arnould 5
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : cecile-arnould
Marie-Dominique Bernadet 6
Author
Christel Marie-Etancelin 7
Author IdHAL : christel-marie-etancelin ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8950-0420
Benjamin Basso 7
Author IdHAL : benjaminbasso
Frédéric Herault 8
Author IdHAL : frederic-herault ORCID : https://orcid.org/0000-0001-5824-4081
Frédéric Lecerf 8
Correspondent author Employer institution : AGROCAMPUS OUEST IdHAL : frederic-lecerf
Joël Besnard 3
Author
Fanny Calenge 9
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : fanny-calenge ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3529-3387
Catherine Beaumont 9
Author IdHAL : catherine-beaumont
Christophe C. Klopp 10
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : 0000-0001-7126-5477 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7126-5477
Christian Diot 8
Author IdHAL : christian-diot ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9525-6401
1
LGC - Laboratoire de Génétique Cellulaire (23 Chemin des Capelles BP 87614 31076 Toulouse Cedex 3 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR 0444 (France)
- ENVT - Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (23 chemin des Capelles
31076 Toulouse
Cedex - France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
2
PGFB - Plateforme génomique fonctionnelle (France)
- Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2 (146 rue Léo Saignat - 33076 Bordeaux cedex - France)
3
UE PEAT - Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (INRA - Centre Val de Loire 6 - UE PEAT - 37380 NOUZILLY - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UE1295 (France)
4
GEDANIM - Génétique et Diversité Animales (F-78350 Jouy-en-Josas - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1236 (France)
- AgroParisTech (16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05 - France)
5
UMR Innovation - Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Agro-alimentaire (Montpellier - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR0951 (France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
6
UEPFG - Palmipèdes à Foie Gras (France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UE0089 (France)
7
SAGA - Station d'Amélioration Génétique des Animaux (24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville CS 52627 - 31326 Castanet Tolosan Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0631 (France)
8
GARen - Génétique Animale (INRA-AGROCAMPUS-RENNES 65 rue de Saint-Brieuc 35042 RENNES - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR598 (France)
- AGROCAMPUS OUEST (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
- Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes (France)
9
URA - Unité de Recherches Avicoles (Nouzilly - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0083 (France)
Résumé : Le but du programme est de combler les déficits en marqueurs observés pour trois espèces aviaires : la caille, le canard et la poule. La stratégie choisie est l'obtention, à partir de plusieurs individus de lignées d'intérêt, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucléotide) par une nouvelle technologie de séquençage à haut débit (séquenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous séquençons des représentations réduites du génome, en sélectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN génomique - les mêmes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui représentent globalement la partie du génome correspondant aux gènes exprimés. Ces expérimentations sont réalisées à partir d'échantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignées à l'origine de croisements existants, pour chacune des trois espèces. Les données générées par plusieurs "runs" de séquence seront traitées in silico : contigage à haut débit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de séquences connues...En plus de l'intérêt que représente la production d'un très grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux séquencer les régions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de séquence chez la poule. La comparaison des séquences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la séquence du génome de la poule permettra d'établir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce à la grande conservation de synténie existant entre ces trois espèces.
Document type :
Conference papers
Domain :
Complete list of metadata
https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00730058
Contributor : Céline Martel Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, March 5, 2013 - 2:46:53 PM
Last modification on : Wednesday, April 6, 2022 - 4:08:05 PM
Long-term archiving on: : Thursday, June 6, 2013 - 3:55:19 AM
Contributor : Céline Martel Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, March 5, 2013 - 2:46:53 PM
Last modification on : Wednesday, April 6, 2022 - 4:08:05 PM
Long-term archiving on: : Thursday, June 6, 2013 - 3:55:19 AM
File
000124.pdf
Publisher files allowed on an open archive
Identifiers
- HAL Id : hal-00730058, version 1
- PRODINRA : 29272
Collections
Citation
Frederique Pitel, Alain Vignal, Sophie Leroux, Katia Feve, Florence Vignoles, et al.. Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires. 8èmes Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Paris (FR), France. pp.594-598. ⟨hal-00730058⟩
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