Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Résumé : Le but du programme est de combler les déficits en marqueurs observés pour trois espèces aviaires : la caille, le canard et la poule. La stratégie choisie est l'obtention, à partir de plusieurs individus de lignées d'intérêt, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucléotide) par une nouvelle technologie de séquençage à haut débit (séquenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous séquençons des représentations réduites du génome, en sélectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN génomique - les mêmes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui représentent globalement la partie du génome correspondant aux gènes exprimés. Ces expérimentations sont réalisées à partir d'échantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignées à l'origine de croisements existants, pour chacune des trois espèces. Les données générées par plusieurs "runs" de séquence seront traitées in silico : contigage à haut débit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de séquences connues...En plus de l'intérêt que représente la production d'un très grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux séquencer les régions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de séquence chez la poule. La comparaison des séquences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la séquence du génome de la poule permettra d'établir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce à la grande conservation de synténie existant entre ces trois espèces.
Type de document :
Communication dans un congrès
8èmes Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Paris (FR), France. pp.594-598, 2009
Liste complète des métadonnées

https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00730058
Contributeur : Céline Martel <>
Soumis le : mardi 5 mars 2013 - 14:46:53
Dernière modification le : mercredi 21 mars 2018 - 16:08:04
Document(s) archivé(s) le : jeudi 6 juin 2013 - 03:55:19

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Identifiants

  • HAL Id : hal-00730058, version 1

Citation

Frédérique Pitel, Alain Vignal, Sophie Leroux, Katia Feve, Florence Vignoles, et al.. Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires. 8èmes Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Paris (FR), France. pp.594-598, 2009. 〈hal-00730058〉

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