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Conference papers

Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Frédérique Pitel 1 Alain Vignal 1 Sophie Leroux 1 Katia Feve 1 Florence Vignoles 1 Aurélie Tircazes 1 Mireille Morisson 1 Amandine Marty 2 Cécile Donnadieu 1, 2 Denis Milan 1, 2 David Gourichon 3 Francis Minvielle 4 Christine Leterrier 5 Cécile Arnould 5 Marie-Dominique Bernadet 6 Christel Marie-Etancelin 7 Benjamin Basso 7 Frédéric Herault 8 Frédéric Lecerf 8, * Joël Besnard 3 Fanny Calenge 9 Catherine Beaumont 9 Christophe Klopp 10 Christian Diot 8
* Corresponding author
1 LGC - Laboratoire de Génétique Cellulaire
2 PGFB - Plateforme génomique fonctionnelle
3 PEAT - Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours
4 GEDANIM - Génétique et Diversité Animales
5 UMR Innovation - Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Agro-alimentaire
6 UEPFG - Palmipèdes à Foie Gras
7 SAGA - Station d'Amélioration Génétique des Animaux
8 GARen - Génétique Animale
9 URA - Unité de Recherches Avicoles
10 INRA
Résumé : Le but du programme est de combler les déficits en marqueurs observés pour trois espèces aviaires : la caille, le canard et la poule. La stratégie choisie est l'obtention, à partir de plusieurs individus de lignées d'intérêt, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucléotide) par une nouvelle technologie de séquençage à haut débit (séquenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous séquençons des représentations réduites du génome, en sélectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN génomique - les mêmes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui représentent globalement la partie du génome correspondant aux gènes exprimés. Ces expérimentations sont réalisées à partir d'échantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignées à l'origine de croisements existants, pour chacune des trois espèces. Les données générées par plusieurs "runs" de séquence seront traitées in silico : contigage à haut débit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de séquences connues...En plus de l'intérêt que représente la production d'un très grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux séquencer les régions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de séquence chez la poule. La comparaison des séquences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la séquence du génome de la poule permettra d'établir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce à la grande conservation de synténie existant entre ces trois espèces.
Mots-clés : SEQUENÇAGE MARQUEUR MOLECULAIRE ADN ARN GENOME CAILLE COTURNIX COTURNIX POULE GALLUS DOMESTICUS CANARD ANSER DOMESTICUS  
Document type :
Conference papers
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00730058
Contributor : Céline Martel <>
Submitted on : Tuesday, March 5, 2013 - 2:46:53 PM
Last modification on : Tuesday, May 11, 2021 - 3:07:52 PM
Long-term archiving on: : Thursday, June 6, 2013 - 3:55:19 AM

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Identifiers

  • HAL Id : hal-00730058, version 1
  • PRODINRA : 29272

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INRA | UNAM | AGROCAMPUS-OUEST | CIRAD | AGROPARISTECH | AGROPOLIS | AGROCAMPUS-OUEST-UMR-PEGASE | MONTPELLIER-SUPAGRO | INRAE

Citation

Frédérique Pitel, Alain Vignal, Sophie Leroux, Katia Feve, Florence Vignoles, et al.. Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires. 8èmes Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Paris (FR), France. pp.594-598. ⟨hal-00730058⟩

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