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Conference papers
Scans génomique dans les réseaux hydrographiques : l'influence de la dimension fractale
Résumé : La détection de locus sous sélection dans un environnement hétérogène (locus outliers) se base sur des modèles classiques de génétiques des populations tels que le modèle en île ou encore les modèles en pas japonais. Depuis le premier test de neutralité de Lewontin et Krakauer en 1973 jusqu'aux toutes récentes méthodes bayésiennes, la robustesse de ces approches semble assurée pour l'ensemble des modèles spatiaux testés. Notre étude révèle que la géométrie particulière des réseaux hydrographiques, et notamment leur structure fractale, induit une déviation à ces modèles qui se traduit par un nombre élevé de faux-positifs aux tests de détection d'outliers. Ceci s'explique par une distribution des FST qui ne suit pas la distribution de khi-deux attendue pour des locus neutres dans des modèles classiques. La structure en réseau implique ainsi des corrélations entre dèmes dont on sait qu'elles sont susceptibles d'influencer la variance des FST. De plus, les paramètres de la distribution observée des FST sont corrélés aux paramètres définissant la géométrie des réseaux, tout comme la variance des FST, les corrélations entre dèmes ainsi que le taux d'outliers détectés. Le paramètre déterminant le nombre de répétitions du motif élémentaire du réseau semble le plus influencer les paramètres génétiques observés. Ce type de structure spatiale impliquant d'échantillonner l'ensemble de la structure pour avoir accès à toute l'information implique un effet du nombre d'échantillons sur les différents paramètres liés aux FST (variance, distribution, outliers). Ces biais dans la détection de locus sélectionnés peuvent remettre en cause de nombreuses études portant sur des organismes de rivières, notamment concernant des programmes de conservation d'espèces de poissons.
https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00730069
Contributor : Céline Martel <>
Submitted on : Friday, September 7, 2012 - 4:07:05 PM
Last modification on : Wednesday, April 29, 2020 - 2:22:02 PM
Contributor : Céline Martel <>
Submitted on : Friday, September 7, 2012 - 4:07:05 PM
Last modification on : Wednesday, April 29, 2020 - 2:22:02 PM