Scans génomique dans les réseaux hydrographiques : l'influence de la dimension fractale

Résumé : La détection de locus sous sélection dans un environnement hétérogène (locus outliers) se base sur des modèles classiques de génétiques des populations tels que le modèle en île ou encore les modèles en pas japonais. Depuis le premier test de neutralité de Lewontin et Krakauer en 1973 jusqu'aux toutes récentes méthodes bayésiennes, la robustesse de ces approches semble assurée pour l'ensemble des modèles spatiaux testés. Notre étude révèle que la géométrie particulière des réseaux hydrographiques, et notamment leur structure fractale, induit une déviation à ces modèles qui se traduit par un nombre élevé de faux-positifs aux tests de détection d'outliers. Ceci s'explique par une distribution des FST qui ne suit pas la distribution de khi-deux attendue pour des locus neutres dans des modèles classiques. La structure en réseau implique ainsi des corrélations entre dèmes dont on sait qu'elles sont susceptibles d'influencer la variance des FST. De plus, les paramètres de la distribution observée des FST sont corrélés aux paramètres définissant la géométrie des réseaux, tout comme la variance des FST, les corrélations entre dèmes ainsi que le taux d'outliers détectés. Le paramètre déterminant le nombre de répétitions du motif élémentaire du réseau semble le plus influencer les paramètres génétiques observés. Ce type de structure spatiale impliquant d'échantillonner l'ensemble de la structure pour avoir accès à toute l'information implique un effet du nombre d'échantillons sur les différents paramètres liés aux FST (variance, distribution, outliers). Ces biais dans la détection de locus sélectionnés peuvent remettre en cause de nombreuses études portant sur des organismes de rivières, notamment concernant des programmes de conservation d'espèces de poissons.
Type de document :
Communication dans un congrès
2nd séminaire sur la théorie des fractales et leurs applications : La théorie des fractales et ses applications dans les équipes de recherche angevines, Jun 2009, Angers (FR), France
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00730069
Contributeur : Céline Martel <>
Soumis le : vendredi 7 septembre 2012 - 16:07:05
Dernière modification le : mercredi 21 mars 2018 - 16:08:10

Identifiants

  • HAL Id : hal-00730069, version 1

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Citation

Y. Fourcade, J. Secondi, A. Chaput-Bardy, Cyril Fleurant, C. Lemaire. Scans génomique dans les réseaux hydrographiques : l'influence de la dimension fractale. 2nd séminaire sur la théorie des fractales et leurs applications : La théorie des fractales et ses applications dans les équipes de recherche angevines, Jun 2009, Angers (FR), France. 〈hal-00730069〉

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